Codeigniter – ¿cómo ejecutar consultas múltiples / por lotes?

Tengo un montón de consultas generadas por un script de shell en un servidor y una aplicación de CI las va a consumir en otro servidor. Las consultas se ejecutan bien cuando se ejecutan individualmente, pero fallan cuando se ejecutan como un lote. ¿Hay alguna manera de salir? Tenga en cuenta que estas no son inserciones o actualizaciones múltiples y las consultas pueden abarcar más de una línea

Esto no es una limitación de CodeIgniter sino de las bibliotecas de cliente de base de datos.

Es decir, mysql_query() solo puede ejecutar una única consulta a la vez.

Dependiendo del cliente, hay alternativas,

Es decir, mysqli_multi_query()